Η εγγραφή των νέων φοιτητών στο Π.Μ.Σ., οι δηλώσεις παρακολούθησης μαθημάτων και η καταβολή των τελών εγγραφής γίνονται μια εβδομάδα πριν την έναρξη του Α’ εξαμήνου.
Οι δηλώσεις πλήρους ή μερικής φοίτησης, γίνονται κατά τη διάρκεια υποβολής της αίτησης. Η δήλωση πλήρους ή μερικής φοίτησης είναι δεσμευτική και δεν μπορεί να τροποποιηθεί κατά τη διάρκεια των σπουδών.
Οι δηλώσεις παρακολούθησης μαθημάτων των επόμενων εξαμήνων καθώς και η καταβολή των τελών εγγραφής γίνονται κατά την πρώτη εβδομάδα κάθε εξαμήνου. Στην ίδια περίοδο, και μόνον σε αυτήν, μπορεί να γίνεται αλλαγή δήλωσης παρακολούθησης σε κάποιο μάθημα. Οι ακριβείς ημερομηνίες ανακοινώνονται στο ετήσιο ακαδημαϊκό ημερολόγιο.
Οι δηλώσεις των μαθημάτων γίνεται μέσω του ηλεκτρονικού φοιτητολογίου του Πολυτεχνείου Κρήτης.